La recogida de estos envases se ha llevado a cabo a través de una red de centros de recogida selectiva (Centros de Agrupamiento), en su mayoría cooperativas agrarias o puntos de ventas de productos o servicios,  a los cuales el consumidor puede llevar sus envases para que sean tratados en plantas autorizadas y minimizar así su impacto medioambiental.  Muchos de estos envases usados de fitosanitarios se recogen también a través de campañas piloto que se desarrollan puntualmente en todo territorio andaluz.

Por provincias, Jaén es la provincia que utiliza más productos fitosanitarios en su agricultura, con 322,5 toneladas de envases usados recogidos, que suponen el 25,14% del total regional. Le siguen, Córdoba, con 283,180 toneladas, Sevilla (209,481 t), Granada (116,229 t), Huelva (113,109 t), Almería (99,280 t), Málaga (87,340 t) y Cádiz (51,895 toneladas).

Según datos aportados por SIGFITO, de las 1.964,504 toneladas de envases de productos fitosanitarios puestos en el mercado en Andalucía durante 2011, el 72% de los mismos estaba compuesto por material plástico, el 17% de papel, el 9% de metal y el resto por otros compuestos.  Del total de envases distribuidos se ha logrado reciclar el  62,57%, independientemente de su composición material, lo que supone un 7% más del mínimo que establece la Ley de 1997 de Envases y Residuos de Envases (55%).

 Actualmente en España, y dadas las características de estas sustancias, normalmente peligrosas para el medio ambiente y la salud humana, los envases que han contenido productos fitosanitarios son considerados como residuos peligrosos. Con el  Sistema Integrado de Gestión de Envases Usados de Productos Fitosanitarios (SIGFITO), del que fue pionera Andalucía en su implantación, se da solución a un problema medioambiental, evitando el abandono incontrolado de estos residuos peligrosos.

Este Sistema de Gestión acaba de renovar, con fecha 14 de noviembre,  su autorización para gestionar este tipo de residuos, por lo que  deberán ampliar el número de puntos de recogida en aplicación del Decreto 73/2012 (Reglamento de Residuos) que obliga a tener un punto de recogida por cada 10.000 hectáreas de superficie agrícola cultivable ; así como incrementar la ratio de recogida de envases vacíos hasta llegar en 2017 a un 70% de los que los productores hayan introducido en el mercado andaluz de fitosanitarios.