El Área de Agricultura Ecológica de COAG considera que es una propuesta muy ambiciosa que debe de ser ampliamente debatida, ya que un parte importante de las medidas planteadas podrían suponer un freno al desarrollo de la agricultura y ganadería ecológica:

-  La prohibición de producción ecológica y no ecológica en la misma explotación. En nuestro país, más del 50% de las explotaciones son de régimen mixto.

-   La eliminación de la excepción para el uso de semillas ecológicas. Hasta el momento, cuando no existe una variedad de semilla ecológica puntual, se puede hacer uso de una convencional siempre y cuando no haya sido tratada con productos prohibidos por la normativa ecológica comunitaria.

-  La eliminación de diversas excepciones en ganadería, caso de la avicultura ecológica, en la que se pueden utilizar pollitos de ganadería convencional ante las dificultades para encontrar pollitos de origen ecológico.

-  La propuesta de Reglamento no defiende las variedades locales y tradicionales de semillas frente a las patentes impulsadas por empresas multinacionales. Existe peligro real de contaminación por transgénicos en bancos públicos de semillas ante la ausencia de protocolos de seguridad.

-  No se fomenta la compra pública  y colectiva de alimentos ecológicos en colegios y hospitales y otros centros públicos.

Además, la propuesta de Reglamento no avanza en la implementación de la venta directa y los canales cortos para productos ecológicos, una de las líneas estratégicas para impulsar el consumo. En ese sentido, es vital la adaptación de la normativa higiénico-sanitaria para facilitar la transformación artesanal de los productos ecológicos en las explotaciones. "Hablamos de alimentos de una singularidad especial, con difícil acogida en los canales dirigidos a supermercados y establecimientos con surtido normalizado, que en los próximos años experimentarán un aumento de la demanda. España crecerá de forma sostenida en este tipo de consumo un 12,5% anual hasta 2020",  ha subrayado José Manuel Benítez, responsable del Área de Agricultura Ecológica de COAG.

Tampoco se aborda la problemática actual referente a los mataderos;  es necesario el manteniendo de mataderos locales como herramientas para desarrollar un modelo de ganadería ecológica que responda a los intereses de productores, carniceros y consumidores autóctonos. Asimismo, consideramos esencial que se permita la instalación de mataderos en la propia explotación, adaptando la normativa higiénico-sanitaria europea al modelo de pequeña explotación.

Como aspectos positivos cabe destacar la posibilidad de certificación en grupo,  una demanda histórica de COAG- por la que se podrían reducir costes. "Puede suponer  una alternativa y facilitar la entrada a pequeños productores", ha apuntado Benítez. En este tema, existe una honda preocupación respecto al control y certificación de la producción ecológica. Desde COAG siempre se ha defendido un modelo público de control y certificación que sea homogéneo en todo el territorio estatal. Gracias a la presión ejercida por esta organización, el Parlamento Europeo ha votado a favor de que los costes de certificación no recaigan sobre los productores y la certificación sea pública y gratuita. A nivel estatal COAG estima necesario la armonización de  los criterios de control para todas las Comunidades Autónomas.

En los principios generales de este Reglamento se deberían incluir los aspectos sociales y laborales que están implícitos en la producción ecológica.  Los principios deberían basarse en un modelo de agricultura ecológica de base social que fije la población en el medio rural, conserve los recursos naturales y que valorice los recursos locales. También sería necesaria la inclusión de determinados productos, tales como propóleos, frutos salvajes y setas.