Por sus características, el invernadero en sí es contrario a la esencia de la agricultura ecológica, ya que se trata de un lugar cerrado donde se controla todo el proceso de crecimiento de las plantas, así como la entrada y no se permite un intercambio natural, como ocurre en los cultivos al aire libre del exterior. Sin embargo, las prácticas ecológicas están proliferando en gran medida en los cultivos intensivos de la provincia almeriense, de tal modo que ya son más de mil las hectáreas de invernadero cultivadas de forma ecológica. En la agricultura ecológica de invernadero se sustituyen los productos químicos por fertilizantes orgánicos, ya sean sólidos o líquidos y fitosanitarios naturales. De este modo sigue siendo un sistema controlado, pero por el simple hecho de eliminar la química estos cultivos se certifican como ecológicos. Estos invernaderos ecológicos están inscritos en el Registro de Fincas del Comité Andaluz de Agricultura Ecológica (CAAE). En estas explotaciones agrícolas se utilizan para fertilizar el suelo y las plantas abonos líquidos de origen orgánico aplicados por fertirrigación. Antes de realizar los transplantes o siembras se lleva a cabo un estercolado de la tierra. En ocasiones el estiércol es sustituido por una leguminosa enterrada como abono verde, e incluso se aprovecha, si se hace algún tipo de acolchado vegetal, para dejarlo que se degrade completamente en el suelo, convirtiéndose en humus. Cada vez se usa más el extracto de algas, que corrige de carencias de algunos elementos y aporta nutrientes en momentos fenológicos concretos del cultivo en que tiene mayor demanda.